لیگ ها در بازی مستر90 به صورت یک هرم بر روی هم قرار گرفته اند. هر چه به سمت نوک هرم پیش می رویم، لیگ ها و تیم ها حرفه ای تر می شوند و در قاعده ی هرم، تیم های تازه وارد و یا ضعیف تر وجود دارند که برای رسیدن به سطوح بالایی هرم تلاش می کنند.

نکته ی دیگر این که در نوک این هرم فقط 1 لیگ یعنی لیگ دسته 1 وجود دارد و هر چه به سمت پایین حرکت می کنیم، تعداد لیگ های موجود در یک سطح، بیشتر می شود. به طور مثال در سطح دسته 2، دو لیگ وجود دارد. در سطح 3، چهار لیگ، در سطح 4، هشت لیگ و…

در هر لیگ، 14 تیم حضور دارند. این تیم ها از بین تیم هایی که در فصل قبل در همین سطح بوده اند، تیم هایی که از سطح پایین تر به این سطح صعود کرده اند و نیز تیم هایی که از سطح بالا به این سطح سقوط کرده اند تشکیل شده است.

• در سطح پایین و آخرین سطح بازی، معمولا تیم های تازه وارد و یا ضعیف حضور دارند. لیگ آخر در این سطح، در صورتی که در زمان لیگ بندی ها به حداکثر 14 تیمی خود نرسیده باشد، با یک سری تیم ربات از بازی پر می شود.

دو تیم ابتدایی هر لیگ، به سطح بالاتر صعود می کنند(شماره 1) که در جدول لیگ با رنگ سبز نمایش داده می‌شوند و چهار تیم انتهای جدول لیگ در هر فصل، به سطح پایین تر سقوط می کنند(شماره 2) که این تیم‌ها در جدول لیگ با رنگ قرمز نمایش داده می‌شوند.

• در صورتی که لیگ در سطح 1 باشد، 2 تیم بالایی صعودی نخواهند داشت با این حال تیم قهرمان، به سوپرجام قهرمانی مستر90 دست خواهد یافت.
• در صورتی که لیگ در آخرین سطح بازی باشد، 4 تیم انتهای جدول به دسته ی پایین تر سقوط نمی کنند.
• در صورتی که کاربری 28 روز به تیم خود سر نزده باشد از لیگ بیرون افتاده و درصورت سر زدن دوباره به تیم خود از آخرین لیگ دسته پایین بازی را ادامه خواهد داد، این مورد باعث خواهد شد تا در لیگ های بالاتر بیش از 2 تیم به دسته بالاتر صعود کنند.
• در برخی مواقع، با توجه به حذف و یا جریمه ی برخی تیم های موجود در لیگ های سطوح بالاتر، ممکن است 3 تیم از برخی لیگ های سطوح پایین تر به دسته‌ی بالا صعود کنند و یا برخی تیم‌هایی که انتظار سقوط دارند، در سطح خود باقی بمانند. این موارد به ندرت و به خاطر حذف کاربران غیر فعال و یا جریمه‌ی متخلفانی پیش می آید که تخلفاتی شدید و بسیار تاثیرگذار انجام داده باشند.